Obtuvo su licenciatura en Economía en la Universidad de Burundi en 1986. Se convirtió en profesor en 1987 y finalmente en Director de Finanzas y Administración en la misma universidad. En 1992, obtuvo una

Jonuel Gonçalves está doctorado en Ciencias sobre Economía de Recursos Hídricos sobre África Austral-América del Sur. También se ha graduado en la Universidad de Ciudad del Cabo y en la Escuela de Estudios Superiores en Ciencias Sociales de París.